Con la finalidad de educar a la sociedad de aquellos tiempos, los jesuitas fundaron el Colegio Clerical de San José en 1756; tras la expulsión de esta Orden de tierras españolas en América en 1767, el gobierno encargó a los franciscanos la dirección del Colegio. En octubre de 1823, a propuesta de Doña Josefa de la Fuente, benefactora del colegio, éste cambió su nombre al de Colegio Clerical de San Miguel de Estrada.

A raíz de la Ley de Nacionalización de Bienes Eclesiásticos expedida el 25 de junio de 1859, el entonces gobernador de Campeche, Lic. Pablo García estableció en el antiguo colegio, una institución educativa de segunda y alta enseñanza, bajo el nombre de Instituto Campechano. Éste fue inaugurado el 2 de febrero de 1860, y su primer rector fue Don Tomás Aznar Barbachano.

El Instituto inició sus labores con 138 alumnos, ofreciendo las Cátedras de Medicina, Farmacia y Jurisprudencia, y posteriormente Música y Pintura. Debido a su creación en el antiguo colegio clerical, el gobierno puso a disposición del Clero la casa conventual conocida como Orden Tercera de San Francisco, que hoy se conoce como Iglesia de San Francisquito y su convento, (ocupado en la actualidad por el Instituto de Cultura), para que establezcan un Seminario de Enseñanza de las Ciencias Eclesiásticas.

La modernidad del siglo XX influyó en el Estado que, en su afán de elevar el nivel educativo, creó en 1958 la Universidad de Campeche, que ocupó el edificio del Instituto, por lo que su construcción fue aumentada hasta lograr abarcar una manzana completa.

Posteriormente se construyó la Ciudad Universitaria y le fue cambiada la denominación a Universidad del Sudeste, comenzando a impartir sus clases el 1º de febrero de 1964. Actualmente lleva el nombre de Universidad Autónoma de Campeche, El Instituto Campechano, a lo largo de su historia ha visto pasar por sus aulas a hombres que han dado gloria a este benemérito colegio. En la actualidad esta casa de estudios ofrece educación secundaria, preparatoria, y superior, impartiendo las carreras de Normal de Educación Preescolar, Primaria y Superior, Educación Artística, Turismo, Trabajo Social y Ciencias de la Comunicación.