Ante la falta de un centro educativo en Campeche, en 1715 se autorizó a la orden de los jesuitas, que fundaron un colegio, y fué puesto bajo la advocación de San José dando inicio a sus funciones el 4 de noviembre de 1756.

En 1767, al ser expulsados los Jesuitas de todos los territorios del dominio español, la dirección del colegio pasó a manos de los hermanos de San Francisco, quienes se hicieron cargo de la educación, concluyendo además la construcción de la cúpula y la capilla mayor del templo. Esta labor educativa continuó hasta el año de 1823, cuando se funda el Colegio Clerical de San Miguel de Estrada en el antiguo sitio que ocupaba el ex-colegio de San José.

El Movimiento Liberal de 1857, promovió la creación centro de estudios que fuera el fundamento y piedra angular de la educación en el nuevo Estado de Campeche, y para tal efecto el 31 de diciembre de 1859 el Gobernador del Estado Lic. Pablo García, decretó: “Se establece en esta capital un colegio de segunda y alta enseñanza, bajo el nombre de Instituto Campechano, en el edificio que originariamente fué convento de jesuitas y en que después ha estado el Colegio Clerical de San Miguel de Estrada”.

El Benemérito Instituto Campechano se inaugura el 2 de febrero de 1860, siendo su primer Rector Don Tomás Aznar Barbachano.